L’homme qu’Ôgami recherche, Sagashimono, est en vérité celui qui a rassemblé des individus dotés de pouvoirs sous son commandement. Apprenant qu’un groupe d’individus a investi un centre de recherche qui traite des matières radioactives, les Code :Breaker donnent l’assaut ! Seulement, ils sont loin de se douter que l’auteur de cette attaque n’est autre que Sagashimono et qu’il attend Ôgami de pied ferme…