Rien ne va plus à Tokyo-3 ! Une nouvelle élève fait son apparition et Mana, c’est son nom, tombe également sous le charme de Shinji. Bien sûr, cela ne va pas sans créer des tensions avec Asuka et Rei, déjà en guerre. Du moins, jusqu’à ce que les adolescents se rendent à la Nerv et découvrent le projet sur lequel travaillent leurs parents : Le robot J.A. ou Jet Alone !