Rien ne va plus à Tokyo-3 ! Lorsqu’il est avec Kaoru, Shinji a un comportement bien trop équivoque et cela n’est pas du goût de tout le monde. Rei et Asuka décide donc de faire une alliance temporaire pour mener le combat de front. Mais faire comprendre quelque chose à un empoté comme Shinji n’est pas une sinécure et nos deux demoiselles vont bientôt l’apprendre à leurs dépens.