Face à une police qui s’avère être corrompue, Ôgami continue son travail de purificateur en brûlant le chef des forces de l’ordre. Peu de temps après, Sakura fait la connaissance d’un jeune homme aux yeux vairons, Toki, qui se révèle être lui aussi un Code:Breaker. Ce dernier est un maître du magnétisme. Il est chargé par l’Éden, une mystérieuse organisation qui donne des ordres aux Code:Breakers, d’exécuter un contrat aux côtés d’Ôgami. Accompagnés de Sakura, ils s’introduisent chez un homme politique orchestrant un sombre trafic d’organes...