Confronté aux cristaux d’étoile et à leurs fées menaçantes, Negi ne sait plus quoi faire et craint pour la vie de ses élèves. Il demande alors l’aide d’Evangeline qui fait de lui son disciple. L’entraînement qu’il reçoit lui permet de progresser rapidement. Grâce à l’aide d’Asuna, de Konoka et de Setsuna, il découvre enfin la vérité sur les cristaux d’étoiles…