Nommé général de brigade après le siège de Toulon, Buonaparte se voit confier le commandement de l'artillerie de l'armée d'Italie.
De retour de mission de Gènes, il apprend la condamnation et l'exécution des frères Robespierre, dont il bénéficiait de la protection. Soupçonné de connivence avec ces derniers, il est destitué de son commandement et mis aux arrêts.
Après avoir été blanchi, il erre dans Paris, sans affectation, jusqu'à ce fameux 13 vendémiaires où, grâce à sa clairvoyance, il parvient à mater l'insurrection des royalistes attaquent les Tuileries. Cette victoire lui permet de rentrer en grâce.
Peu de temps après, il épouse la future impératrice Joséphine, dont il était tombé éperdument amoureux. Comme cadeau de mariage, il a reçu du Directoire le commandement en chef de l'armée d'Italie, qui s'apprête à véritablement entrer en campagne.