Lyon, le 12 septembre 1642. Le marquis de Cinq-Mars est décapité place des Terreaux, pour avoir comploté contre le roi. Dans le même temps à Paris, Thomas de Vineuil rédige la dernière page de son journal. Il sait que les sbires de Richelieu vont venir le tuer, car il a pris part au complot. Il se remémore la querelle qui, sept ans auparavant, l'a entraîné dans la spirale des intrigues, alors qu'il pensait devenir simple professeur de botanique au Jardins du Roi (futur jardin des plantes) de monsieur Guy de la Brosse. Le récit narre l'histoire de Thomas, jeune botaniste surdoué, formé à l'université et complétant son savoir auprès des rebouteux du peuple. A une époque où la médecine tâtonne, Thomas est une sorte de sorcier, capable de soigner ou de tuer, en utilisant les plantes. Repéré par Richelieu, il va devenir l'un de ses principaux outils pendant les querelles et conspirations de la fin du règne de Louis XIII. Aidé de Géraud, un Garde du Cardinal, aventureux et désinvolte, Thomas va être l'instrument de l'Histoire.