Un soir, alors qu’elle est dans le bus qui la ramène chez elle, Sakura aperçoit dans un parc plusieurs personnes consumées par d’étranges flammes bleues. Au milieu de ce brasier, le supposé responsable de ce crime, un garçon de son âge, contemple la scène, insensible aux cris de ses victimes.
Quelle n’est pas sa surprise, le lendemain, quand ce jeune homme débarque dans sa classe au lycée. Sakura décide alors d’enquêter sur ce nouvel élève, Rei Ôgami, pour tenter de le confondre. Il lui apprend qu’il est un CODE:BREAKER, ''celui qui n’existe pas'', chargé de débarrasser le monde de tous ceux que les lois n'atteignent pas grâce à ses pouvoirs !